高研院根据学校对其作为北航高水平人文通识教育平台、高水平文科建设特区要求，立足学校理工文医综合交叉和文科精品战略，着重发展与学校定位双一流、更加卓越化目标相配合的人文基础学科和新文科。经过多年的建设和融合，建立了一支专职教师近30人、专兼结合近60人的师资队伍。2022年4月20日经学院党委会、党政联席会决定，根据学科、人才培养、课程组织和智库一体化建设的标准，正式成立以下五个内设机构。
一、哲学系
主任：于金龙 名誉主任：李成智
副主任：韩连庆、顾家宁
成员：李静、罗旻、顾家宁、李丽珠、王硕、于金龙、盛珂、康子兴、戴蓓芬、李成智、徐治立、韩连庆、叶山岭、王妍、和鸿鹏
下设：
中国哲学研究所
所长：盛珂 联合所长：顾家宁
马克思主义哲学和西方哲学研究所
所长：康子兴
副所长：戴蓓芬
科技哲学研究所
所长：王妍
该系自身拥有一级学科硕士点，具体包括中国哲学、马克思主义哲学与西方哲学、科技哲学三个二级点招生。
部分老师担任人文公管学院公共管理博士点一级学科博士生导师，招收博士生。
二、新闻、文化传播与管理系
主任：孙琳琳
副主任：段颀
成员：孙琳琳、张家骥、段颀、陈绮、陈思、杨扬、何静、高泽晋、金文恺
下设新闻与新技术传播研究所、文化传播与管理研究所、信息传播治理研究所。
该系拥有文化传播与管理交叉学科硕士点（新文科）。
部分老师担任人文公管学院公共管理博士点一级学科博士生导师，招收博士生。
三、古典与文明区域研究中心
主任：刘后滨、张维维
副主任：顾家宁、康子兴、
成员：刘后滨、康子兴、李静、余成峰、韩连庆、顾家宁、罗旻、陈绮、李丽珠、王硕、戴蓓芬、陈思
下设：
北航通识教育和课程中心（张家骥、戴蓓芬、陈思、韩连庆、叶山岭、陈绮、和鸿鹏、段颀、杨扬）
中国文明文化史研究所（顾家宁、李静、罗旻、李丽珠、王硕）
世界及区域文明文化所研究所（康子兴、余成峰、田飞龙）
该中心主要负责全校本科生和文科大类的核心通识课程和人文素养选修课程，择机筹建文史及国际关系等学科。
该学科老师除了在本学院1系、2系硕士点招生，也在法学院法学一级学科带硕士生、博士生。
四、科技治理、经济与法律研究中心
主任：龙卫球（代）
常务副主任：孙琳琳（兼）
副主任：余成峰、段颀（兼）
特邀副主任：翟志勇（中国科协/北航科技组织与公共政策研究基地执行副主任）、陈巍（北京科技创新中心研究基地执行主任）
该中心围绕以新兴数字科技、生物科技等快速发展和应用为背景，面向国家重大管理、经济和立法的战略需求，通过交叉融合形成高水平的研究基地和智库，同时也培养这一领域的新型高层次复合人才。目前在与法学院等合作筹设二级交叉博士点，具体包括科技治理与法律、科技经济与法律、知识产权与管理三个方向。
该学科老师除了在本学院1系、2系硕士点招生，也在法学院、人文公管学院相关学科带硕士生、博士生。
五、实践教学中心
主任：孙琳琳
副主任：杨扬（知行书院工作部负责人）、何静（负责实验室、科教协同平台）、张晓明（负责毕业大戏和文艺实践）、陈思（负责实习和社会课堂）